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20世纪80年代初，中国科学院89位院士(学部委员)致函党中央、国务院，建议借鉴国际成功经验，设立面向全国的自然科学基金，得到党中央、国务院的首肯。随后，在小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日正式批准成立国家自然科学基金委员会（简称自然科学基金委，英文名称为National Natural Science Foundation of China，缩写为NSFC）。

自成立以来，在党中央、国务院的正确领导下,在国务院有关部门及广大科技工作者的支持下，自然科学基金委坚持以支持基础研究为主线，以深化改革为动力，确立了依靠专家、发扬民主、择优支持、公正合理的评审原则，建立了科学民主、平等竞争、鼓励创新的运行机制，健全了决策、执行、监督、咨询相互协调的管理体系，形成了以《国家自然科学基金条例》为核心、包括组织管理、程序管理、资金管理、监督保障在内的规章制度体系，形成了包括探索、人才、工具、融合四大系列组成的资助格局。国家自然科学基金聚焦基础、前沿、人才，注重创新团队和学科交叉，为全面培育我国源头创新能力作出了重要贡献，成为我国支持基础研究的主渠道。2018年，根据《深化党和国家机构改革方案》，自然科学基金委由国务院直属事业单位改由科学技术部管理，依法管理国家自然科学基金，相对独立运行，负责资助计划、项目设置和评审、立项、监督等组织实施工作。

当前，新一轮科技革命蓬勃兴起，科研范式和组织模式深刻变革，交叉融合成为科学技术发展潮流，应对全球性挑战和满足国家重大需求对源头创新的需求更加迫切。党的十九大明确了建设科技强国的奋斗目标，确定了新时代基础研究发展的新任务新要求。国家对基础研究高度重视并寄予厚望，基础研究迎来了难得的历史机遇和前所未有的巨大挑战。

习近平总书记深刻指出：“基础研究是整个科学体系的源头，是所有技术问题的总机关”“科技领域是最需要不断改革的领域”。新时代应有新面貌新作为。第八届国家自然科学基金委员会第一次全体委员会议确立了构建新时代科学基金体系的改革目标和深化改革方案。自然科学基金委将认真贯彻党中央、国务院决策部署，按照科技部统一安排，加强党对科学基金事业的领导，深化科学基金改革，在未来5至10年实现：基于科学问题属性分类的资助导向；负责任、讲信誉、计贡献的智能辅助分类评审机制；源于知识体系逻辑结构、促进知识和应用融合的学科布局。