五子棋是起源于中国古代的传统黑白棋种之一。现代五子棋日文称之为“連珠”，英译为“”。日文中还曾有“五目碰”、“五目”、“五格”、“串珠”等称谓，英文也有“”，“”，“Five in row”(FIR)，“ 5”，捷克语“”，韩语“omok”……

现在国际已公认五子棋起源于中国，国内目前的说法有两种：一说早于围棋，早在“尧造围棋”之前，民间就已有五子棋游戏；一说源于围棋，是围棋发展的一个分支。欧洲方面则取古老的说法：五子棋首次被提及是在约公元前2000年，出现在中国的黄河流域。同时他们也认为在古希腊以及被哥伦布发现前的美洲，类似五子棋这种游戏也有迹象显示其有独立的起源。不过就像围棋的起源一样，关于五子棋的起源也没有具体的文献史料佐证。

五子棋大约随围棋一起在我国南北朝时先后传入朝鲜、日本等地。据日本史料文献记载，中国古代的五子棋是经由高丽(朝鲜半岛)，于1688年至1704年的日本元禄时代传到日本的。但也有日本人争论，五子棋是由日本人发明并流传下来的竞技，日本已故小说家、同时有着八段称号的川口直树先生，生前曾经非常深入地研究过五子棋的历史。有关五子棋曾有这样一段记载：大概从战国时代(大致是丰臣秀吉掌权时代)后不久开始有五子棋，进入德川时代后便急剧出现。事情的起因是这样的，皇宫中的女侍们从干活的同伴那里拾来小石子，把它们排列成五个子以取乐，后来进出皇宫的商人们回到家乡后，把这种有趣的游戏向孩子们和衙役官员们传播，教给他们玩法。另外，第一本有关五子棋的书籍也是1858年在日本出版。不过欧洲方面仍然认同五子棋最早是在中国出现的。

虽然五子棋最早起源于中国，但对于其发展贡献最大的则是日本。五子棋在中国没有被引起重视，但在日本的地位则得到提高。经过大量实战对弈以及高手研究，发现五子棋执黑先行优势很大。《万朝报》（明治25年创刊）于明治32年(公元1899年)9月连载《五目碰必胜法》，引起很大反响，执黑必胜使五子棋失去了比赛和研究的意义，因此逐渐开始对五子棋规则进行改革。最初由于黑棋多以迅速得到双活三棋形而取胜，大约在1880年前后，日本开始出现对黑棋以三三取胜的蔑视风潮，执黑者以三三取胜为耻，而尽量避免这种胜之不武的取胜之道，由此开始了对各种禁手的研究。大约经过了50年左右时间，到1930年代初，才形成了完整的禁手理论。

开始的时候先手方与后手方都有“三三禁手”的规定。在明治33、34年时期(1900、1901年)，由万朝报社社长、当时公认的第一高手黑岩泪香先生(第一世名人，号“高山互乐”)掀头，召集了许多高手商议对五子棋进行改革。规定黑方禁止走“三三”，白棋可自由走子；黑岩对当时将五子棋称为“五目碰”的这种含轻视的称谓表示遗憾，于是公开征名，正式确立“联珠”这一名称，取“日月如合璧，五星如联珠”(《汉书》)之意（现写作“连珠”）；并且将前三手开局棋形规范化，分为桂、间、连三种类型，每种7个共21个开局；还决定对段位进行分段，为以前的高手追加段位。

1912年规定，黑方因防御被迫走三三也判负；白方长连判胜，在这之前，双方走出五连以上(长连)是无效的。

1916年规定，黑方长连判负。

1918年规定，黑方不允许走“四三三”，“五三三”仍可。

1931年规定，黑方不允许走“四四”，并且棋盘由缩至；1936年，第三世名人高木乐山成立“日本联珠协会”，推行上述规定。

二战使日本连珠的发展一度停滞，而战后连珠届则各自立门户，其中一派主张维护旧有的十九道棋盘，另一派则要最终改进成十五道棋盘。直到1966年，日本联珠协会、日本联珠联盟、新日本连珠社合并，成立“社团法人、日本连珠社”，并统一规则：十五道盘，黑三三、四四、长连禁手；将早前21种开局棋形增加至24种(禁止后手方指定禁手下白必胜的游彗星)。

有说法指在20世纪初，现代五子棋就传入了欧洲。1958年2月，瑞典连珠协会建立；1979年8月前苏联连珠联盟成立，并且在各加盟共和国中流行起来。欧洲人根据日语“五目”和“连珠”的发音，创造了“”和“”两个拉丁词。1988年8月8日，在奈良秀树、早川嘉美等日本棋手的游说和倡导下，国际连珠联盟( ，简称RIF)在瑞典的斯德哥尔摩正式成立，创始国为日本、前苏联、瑞典，将日本连珠社的规则作为官方规则。第一届世界连珠锦标赛于 1989年在日本举行，参加比赛的就是日本、前苏联和瑞典三个国家，此后每两年举办一届，直到现在共举办了十届。1990年代初，前苏联加盟国相继独立，加盟RIF的国家增至八个，他们分别是日本、俄罗斯、瑞典、亚美尼亚、阿塞拜疆、爱沙尼亚、拉脱维亚和白俄罗斯。中国于1996年加入该组织，并成立 机构的。芬兰、捷克、韩国、加拿大等也相继加入。

据说早在20世纪20年代就有人提出五手二打的设想；而在1973年，日本的三好丈夫七段提出了三手可交换的方法，但并没有引起多少人的关注。1987年奈良秀树七段再次重提三手可交换的观点，并对三手可交换的早期实现提出了具体措施。1988年4月日本正式采用五手二打规则，且同年9月第26期全日本连珠名人战A级联赛起，试验采用开局三手可交换规则，但此时前三手仍是黑白双方一人一手走出来的。1995年第33期名人战才正式采用了三手可交换规则，同时决定前三手均由假先方布局的指定开局法。至此，现行的RIF规则(26种开局、禁手、三手交换、五手二打)才最终成形。

而五子棋的另一分支无禁手的五子棋在中欧波兰、捷克等国比较流行，为了限制黑棋优势，引入了交换规则，并且第一手不限天元，双方五连以上无效。RIF组织下设立了五目()委员会，在举办世界连珠锦标赛的同时，也同时举办的世界锦标赛。

中国长久以来五子棋一直没有得到发展，民间流行、为大众熟知的主要是那种没有禁手，且没有任何规定限制的原始五子棋(黑方先行必胜)，直到20世纪90年代才开始引进现代五子棋规则。此后的十多年的时间里，五子棋在民间迅速普及。北京是五子棋发展最早也最普及的地区，1992年成立了我国第一个五子棋民间组织——京都五子棋社。在北京的带动下，其他地区也先后成立了五子棋组织，如天津、上海、廊坊、秦皇岛等等。1999年，中国北京举办了第六届世界连珠锦标赛。2000年12月，中国棋院召开了非正式比赛棋类项目座谈会，包括五子棋在内的一些棋类项目的负责人或发明人会聚中国棋院进行新棋种展示，并就这些非正式比赛项目的普及和发展方向、模式等问题进行了座谈。2001年，国家体育总局批准中国棋院试办全国性五子棋比赛。2002年8月2-4日，中国棋院举办了首届全国五子棋个人邀请赛。此后每年举办一次，直到2006年共五届全国个人邀请赛。2003年10月底，国家体育总局也批准了中国棋院审定的《中国五子棋竞赛规则》（试行）。2006年2月，国家体育总局对五子棋正式立项，作为围棋之下的一个二级项目。全国各地也相继成立了新的五子棋俱乐部，除了较早的北京那威五子棋俱乐部、浙江弈缘五子棋俱乐部，还有河北妙手连珠俱乐部、河南寒月五子棋俱乐部。2007年5月和10月中国棋院先后举办了首届全国五子棋团体锦标赛、首届全国五子棋个人锦标赛。2007年8月，中国棋手吴镝获第十届世界连珠锦标赛A组冠军，仇云飞获世界锦标赛冠军。中国于2006和2008年两次组队参加了第六和第七届世界连珠团体锦标赛，均获得季军。2009年，五子棋将作为首届全国智力运动会的正式比赛项目。